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前列腺结石多数存在于前列腺腺管远端部分，或存在于前列腺后叶或前列腺周围区及深部。因此，前列腺结石常可阻塞腺管，引起前列腺液排泄不畅，易引起尿路及前列腺感染。
另一方面，前列腺结石中常隐藏有大量细菌。将前列腺结石压碎后做细菌培养，可见大量细菌生长。而将前列腺组织压碎后培养却无细菌生长。因此，前列腺结石常可作为感染核心，储存细菌，而抑菌的抗生素却难以进入结石发挥作用。因此，前列腺结石很容易引起反复的尿路感染，治疗上十分棘手