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无精子症的诊断可先进行显微镜下检查，然而再进行体检。
精液离心后取沉渣镜检，3次均未发现精子，可确诊为无精子症，尚需进一步明确病因。
体检时，注意第二性征的发育情况及外生殖器发育情况，若睾丸容积小于10毫升，质地异常柔软，常提示睾丸功能差，触诊应注意附睾、输精管有无畸形，结节等。内分泌检查，血清FSH(卵泡刺激素)，LH(黄体生成素)，PRL(催乳素)，T(睾酮)，DHT(双氢睾酮)有助于辨别是原发性睾丸功能衰竭还是继发性睾丸功能衰竭。
睾丸B超可发现睾丸大体病变，睾丸活检可提供更加确实的诊断治疗依据。