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男性不育症的原因是十分复杂的，而免疫学因素与其发病也有着密切的关系。
在男性或女性患者都可能出现的抗精子抗体，对精子有制动和细胞毒作用。在女性出现的抗透明带抗体，可阻止精子对卵细胞的附着与穿透;抗子宫内膜抗体则可阻止受精卵的着床。一些自身免疫病，如甲状腺功能亢进、原发性甲状腺功能减退，桥本氏甲状腺炎、全身性红斑狼疮(SLE)患者，多有性功能的异常和不育。这些患者血清中也都存在各自特异的标志自身抗体。
检测这些抗精子抗体，有助于对男性病特别是男性不育症的综合分析或辅助诊断。